ฝ่ายบริหารงานทั่วไป มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ปฏิบัติงานสารบรรณ และธุรการ
2. ดำเนินการด้านแผนงาน และติดตามผล
3. ดำเนินการเกี่ยวกับงานการคลังและพัสดุ การเงิน และงบประมาณ
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

กลุ่มยุทธศาสตร์และประเมินผล มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ศึกษา พัฒนา และเสนอแนะนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ด้านพลังงานนิวเคลียร์ของประเทศ
2. ศึกษา พัฒนา และเสนอแนะนโยบายและแผนยุทธศาสตร์สำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
3. ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามแผนยุทธศาสตร์ด้านพลังงานนิวเคลียร์ของประเทศ
4. ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามแผนยุทธศาสตร์ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
5. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานอื่นของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

กลุ่มแผนงานและงบประมาณ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ และให้ข้อเสนอแนะการจัดทำแผนงาน/โครงการ เพื่อจัดทำแผนปฏิบัติราชการประจำปีของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
2. ทบทวนและการวางแผนการจัดทำงบประมาณและรายละเอียดตัวชี้วัดประจำปี
3. จัดทำคำของบประมาณรายจ่ายประจำปี
4. จัดทำแผนปฏิบัติงานและแผนการใช้จ่ายงบประมาณประจำปี
5. ดำเนินการเร่งรัดการใช้จ่ายงบประมาณ
6. ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามแผนปฏิบัติราชการประจำปีของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
7. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานอื่นของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

กลุ่มบริหารจัดการองค์ความรู้ ด้านนิวเคลียร์และรังสี มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ วางแผน เสนอแนะ และจัดทำนโยบาย ยุทธศาสตร์ รวมทั้งแนวทางการบริหารจัดการความรู้ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
2. ศึกษา รวบรวม วิเคราะห์ข้อมูลความรู้ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ เพื่อจัดการองค์ความรู้ขององค์กร
3. รวบรวม จัดทำ และพัฒนาระบบฐานข้อมูล การจัดการองค์ความรู้ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
4. ดำเนินงานและบริหารจัดการศูนย์การเรียนรู้และพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ด้านพลังงานนิวเคลียร์และรังสีของประเทศ
5. ประสานงานและรวบรวมข้อมูลการถ่ายทอดความรู้ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ และรายงานตัวชี้วัดที่เกี่ยวข้อง

กลุ่มความร่วมมือและประสานงานระหว่างประเทศ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ประสานงานกับหน่วยงานภายใน และภายนอกสำนักงาน ในการส่งบุคลากรของประเทศเข้าร่วมกิจกรรมภายใต้ความร่วมมือ ความตกลง และพันธกรณีระหว่างประเทศที่อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงาน
2. สนับสนุนและอำนวยการให้ข้าราชการของสำนักงานเดินทางไป ศึกษา ฝึกอบรม ดูงาน ประชุม สัมมนา หรือปฏิบัติหน้าที่ในต่างประเทศ
3. บริหารจัดการฐานข้อมูลการเดินทางเข้าร่วมการศึกษา ฝึกอบรม ดูงาน ประชุม สัมมนา หรือปฏิบัติหน้าที่ในต่างประเทศ
4. ปฏิบัติหน้าที่วิเทศสัมพันธ์ของหน่วยงาน และสนับสนุนการจัดการประชุมและฝึกอบรมระหว่างประเทศของสำนักงาน
5. จัดทำแผนการและดำเนินการเพื่อพัฒนาโครงการความร่วมมือทางวิชาการระดับประเทศและภูมิภาคของทบวงการพลังงานปรมาณูระหว่างประเทศ
6. บริหารจัดการและติดตามตลอดจนวิเคราะห์ผลการดำเนินโครงการความร่วมมือทางวิชาการระหว่างประเทศไทยและทบวงการพลังงานปรมาณูระหว่างประเทศ
7. ศึกษา วิเคราะห์ และเจรจาเพื่อพัฒนาความร่วมมือระหว่างประเทศทางนิวเคลียร์และรังสี ทั้งในระดับทวิภาคี และพหุภาคี
8. จัดเตรียมข้อมูล เพื่อสนับสนุนการเข้าร่วมประชุมตามพันธกรณีระหว่างประเทศ

กลุ่มเลขานุการคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. บริหารจัดการการประชุมคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ
2. ประสานและติดตามการดำเนินงานให้เป็นไปตามมติที่ประชุมคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ
3. ดำเนินการจัดทำฐานข้อมูลผลการดำเนินงานของคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ
4. สื่อสารข้อมูลสารสนเทศของคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ

กลุ่มเทคโนโลยีสารสนเทศ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ประสานงานและปฏิบัติตามนโยบายเทคโนโลยีสารสนเทศภาครัฐ รวมทั้งจัดทำแผนแม่บทและแผนปฏิบัติการเทคโนโลยีดิจิทัลของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
2. พัฒนาระบบคลังข้อมูล และฐานข้อมูลสารสนเทศรวมทั้งเครือข่ายเทคโนโลยีสารสนเทศที่เกี่ยวข้องกับกิจการของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
3. บริหารจัดการระบบความมั่นคงปลอดภัยทางไซเบอร์ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
4. ส่งเสริมการวิจัยและพัฒนานวัตกรรมด้านเทคโนโลยีดิจิทัลเพื่อการบริหารและการจัดการการกำกับดูแลความปลอดภัยการใช้ประโยชน์จากพลังงานนิวเคลียร์
5. เป็นศูนย์กลางเครือข่ายข้อมูลสารสนเทศของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
6. สนับสนุนและประสานการดำเนินงานของผู้บริหารเทคโนโลยีสารสนเทศระดับสูงของกระทรวง
7. สนับสนุนและส่งเสริมการพัฒนาทักษะด้านเทคโนโลยีดิจิทัลของบุคลากร