ฝ่ายบริหารงานทั่วไป มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ปฏิบัติงานสารบรรณ และธุรการ
2. ดำเนินการด้านแผนงาน และติดตามผล
3. ดำเนินการเกี่ยวกับงานการคลังและพัสดุ การเงิน และงบประมาณ
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

กลุ่มนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. พัฒนา จัดทำ และเสนอแนะนโยบายและแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาด้านพลังงานนิวเคลียร์ของประเทศ และนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ พร้อมทั้งกำหนดแนวทางการแปลงนโยบายและยุทธศาสตร์สู่การปฏิบัติ
2. จัดทำแผนปฏิบัติการและคำของบประมาณประจำปี สำหรับแผนงาน และโครงการของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
3. ติดตาม และประเมินผลนโยบายและแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาด้านพลังงานนิวเคลียร์ของประเทศ และการปฏิบัติงานตามแผนงานและโครงการของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ ตลอดจนศึกษาผลกระทบ และเสนอแนวทางการแก้ไขปัญหา และอุปสรรค
4. สนับสนุนและประสานการดำเนินงานของผู้บริหารระดับสูงของกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม

กลุ่มความร่วมมือและประสานงานระหว่างประเทศ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ประสานงานกับหน่วยงานภายใน และภายนอกสำนักงาน ในการส่งบุคลากรของประเทศเข้าร่วมกิจกรรมภายใต้ความร่วมมือ ความตกลง และพันธกรณีระหว่างประเทศที่อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงาน
2. สนับสนุนและอำนวยการให้ข้าราชการของสำนักงานเดินทางไป ศึกษา ฝึกอบรม ดูงาน ประชุม สัมมนา หรือปฏิบัติหน้าที่ในต่างประเทศ
3. บริหารจัดการฐานข้อมูลการเดินทางเข้าร่วมการศึกษา ฝึกอบรม ดูงาน ประชุม สัมมนา หรือปฏิบัติหน้าที่ในต่างประเทศ
4. ปฏิบัติหน้าที่วิเทศสัมพันธ์ของหน่วยงาน และสนับสนุนการจัดการประชุมและฝึกอบรมระหว่างประเทศของสำนักงาน
5. จัดทำแผนการและดำเนินการเพื่อพัฒนาโครงการความร่วมมือทางวิชาการระดับประเทศและภูมิภาคของทบวงการพลังงานปรมาณูระหว่างประเทศ
6. บริหารจัดการและติดตามตลอดจนวิเคราะห์ผลการดำเนินโครงการความร่วมมือทางวิชาการระหว่างประเทศไทยและทบวงการพลังงานปรมาณูระหว่างประเทศ
7. ศึกษา วิเคราะห์ และเจรจาเพื่อพัฒนาความร่วมมือระหว่างประเทศทางนิวเคลียร์และรังสี ทั้งในระดับทวิภาคี และพหุภาคี
8. จัดเตรียมข้อมูล เพื่อสนับสนุนการเข้าร่วมประชุมตามพันธกรณีระหว่างประเทศ

กลุ่มเผยแพร่และประชาสัมพันธ์ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. พัฒนาสื่อเผยแพร่ความรู้ทางนิวเคลียร์และรังสีเพื่อสนับสนุนภารกิจของหน่วยงาน
2. เผยแพร่ประชาสัมพันธ์ สร้างความตระหนัก และการมีส่วนร่วมของประชาชนเกี่ยวกับการกำกับดูแลความปลอดภัยทางนิวเคลียร์และรังสี
3. จัดกิจกรรมเสริมสร้างองค์ความรู้ที่เกี่ยวกับการกำกับดูแลรวมไปถึงการใช้ประโยชน์จากพลังงานนิวเคลียร์และรังสี
4. สร้างเครือข่ายความรู้ด้านความปลอดภัยทางนิวเคลียร์และรังสี
5. บริหารจัดการการรับฟังความคิดเห็นของประชาชนในกระบวนการอนุญาต
6. ดำเนินงานศูนย์ข้อมูลข่าวสารราชการ และให้บริการข้อมูลข่าวสารผ่านช่องทางต่าง ๆ
7. ปฏิบัติหน้าที่ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ของศูนย์อำนวยการฉุกเฉินทางนิวเคลียร์และรังสี

กลุ่มบริหารจัดการองค์ความรู้และฝึกอบรมด้านนิวเคลียร์และรังสี มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ศึกษา วิเคราะห์ และบริหารจัดการองค์ความรู้ของสํานักงานปรมาณูเพื่อสันติ
2. ดําเนินงานศูนย์กลางข้อมูลด้านนิวเคลียร์และรังสีของประเทศ
3. ศึกษา วิเคราะห์ ประเมิน และบริหารจัดการงานด้านการพัฒนาสมรรถนะหลักตามภารกิจหน้าที่ของสํานักงานปรมาณูเพื่อสันติ
4. ดําเนินการร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการพัฒนาและจัดทําหลักสูตรการฝึกอบรมทางนิวเคลียร์และรังสีสําหรับ บุคลากรภายในและภายนอกสํานักงานปรมาณูเพื่อสันติ
5. ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทําแผนฝึกอบรมของสํานักงาน ปรมาณูเพื่อสันติประจําปี รวมทั้งกํากับ ติดตาม และ ประเมินผลการดําเนินงานให้บรรลุผลสําเร็จตาม เป้าหมายที่กําหนด
6. ประสานงาน และดําเนินการฝึกอบรม ประชุมและสัมมนาของบุคลากรด้านนิวเคลียร์และรังสีของประเทศ
7. จัดทําฐานข้อมูลนักวิจัยและผู้เชี่ยวชาญด้านนิวเคลียร์และรังสีของประเทศ

กลุ่มเลขานุการคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. บริหารจัดการการประชุมคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ
2. ประสานและติดตามการดำเนินงานให้เป็นไปตามมติที่ประชุมคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ
3. ดำเนินการจัดทำฐานข้อมูลผลการดำเนินงานของคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ
4. สื่อสารข้อมูลสารสนเทศของคณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ และคณะอนุกรรมการภายใต้คณะกรรมการพลังงานนิวเคลียร์เพื่อสันติ

กลุ่มเทคโนโลยีสารสนเทศ มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
1. ประสานงานและปฏิบัติตามนโยบายเทคโนโลยีสารสนเทศภาครัฐ รวมทั้งจัดทำแผนแม่บทและแผนปฏิบัติการเทคโนโลยีดิจิทัลของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
2. พัฒนาระบบคลังข้อมูล และฐานข้อมูลสารสนเทศรวมทั้งเครือข่ายเทคโนโลยีสารสนเทศที่เกี่ยวข้องกับกิจการของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
3. บริหารจัดการระบบความมั่นคงปลอดภัยทางไซเบอร์ของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
4. ส่งเสริมการวิจัยและพัฒนานวัตกรรมด้านเทคโนโลยีดิจิทัลเพื่อการบริหารและการจัดการการกำกับดูแลความปลอดภัยการใช้ประโยชน์จากพลังงานนิวเคลียร์
5. เป็นศูนย์กลางเครือข่ายข้อมูลสารสนเทศของสำนักงานปรมาณูเพื่อสันติ
6. สนับสนุนและประสานการดำเนินงานของผู้บริหารเทคโนโลยีสารสนเทศระดับสูงของกระทรวง
4. สนับสนุนและส่งเสริมการพัฒนาทักษะด้านเทคโนโลยีดิจิทัลของบุคลากร